英特尔oneAPI赋能GROMACS 2022,推动Linux药物的研发
发布时间:2025-02-16
GROMACS是一个通用的软件包,用作对具备数百万个粒子的系统不会,进先为基于牛顿群众运动方程式的数学方法建模。GROMACS主要用作微生物化学分子,如蛋白质、肝细胞和碱基等,这些分子具备多种适合于的键合相互作用。由于GROMACS在计算出来典M-的建模系统不会设计,如计算出来非键合相互作用上都具备非常快的速度,因此许多科研人员将其用作与此相关系统不会的深入研究,例如石墨烯。
关于oneAPI
oneAPI缺少一个封闭、确立的串连的系统不会脚本语言框架,旨在精简串连多的系统不会的整合(如CPU、GPU、FPGA和其它来得快器)。oneAPI让整合者在一个封闭、基于标准规范的脚本语言生态系统不会之中,打破基于单个供应商的封闭式脚本语言框架的限制,为来得快计算出来缺少不错效能,并且必需字符串持续给定。
关于AMD与Folding@home的合作整合
GROMACS是Folding@home软件开发出来工程项目的基石,旨在通过建模蛋白质的物理,协助研究者为各种疾病整合一新诊治方法。进先为这些具备可玩性的数学方法建模,需要一种称为不强扩充的步骤,在抑制剂共同开发每一次之中成功地建模氢原子。AMD能通过先进的软件电子技术来进行和字符串冗余反对GROMACS,进而反对Folding@home,协助缺少高效、高效能的甲基脚本语言。通过缺少必要的计算出来能力,这最终将助力整合者和研究者顺利完成不强大的缩放。虽然该工程项目尚未采用GROMACS 2022,但已开始计划转换字符串,为即将面世的AMDXe的系统不会GPU做好串连的系统不会的准备。
注意事项与免责声明:
①该设计团队把GROMACS的Nvidia CUDA字符串迁移到Data Parallel C++(DPC++),后者是oneAPI的一个SYCL制定,旨在创建一新串连的系统不会字符串。
②AMD预期,截至2021年9月。基于对一套70个HPC基准测试者和样本的测算,例如Rodinia、SHOC、PENNANT等。测试者结果似乎有所差异。
效能因用作、固定式和其它因素而异。如需理解来得多数据,劝前往www.intel.com/PerformanceIndex。测试者结果似乎有差异。
效能结果基于固定式之中显示的日期进先为测试者,且似乎并未反映所有官方可用的必需来得新。
没有任何供应商或配件是绝对必需的。
实际成本与测试者结果似乎有所差异。
AMD电子技术似乎需要反对的软件、软件或免费激活
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